root/datatypes_conf.xml.sample

Revision 1558:f5b051c51295, 11.1 kB (checked in by Greg Von Kuster <greg@bx.psu.edu>, 1 month ago)

Fixes for data_source tools, data.name, data.info, data.dbkey, and data.extension should now be properly set. Eliminated fastq data type from datatypes_conf.xml.sample since it is not a supported data type.

Line 
1 <?xml version="1.0"?>
2 <datatypes>
3   <registration converters_path="lib/galaxy/datatypes/converters">
4     <datatype extension="ab1" type="galaxy.datatypes.images:Ab1" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
5     <datatype extension="axt" type="galaxy.datatypes.sequence:Axt" display_in_upload="true"/>
6     <datatype extension="bed" type="galaxy.datatypes.interval:Bed" display_in_upload="true">
7       <converter file="bed_to_gff_converter.xml" target_datatype="gff"/>
8     </datatype>
9     <datatype extension="binseq.zip" type="galaxy.datatypes.images:Binseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
10     <datatype extension="customtrack" type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
11     <datatype extension="csfasta" type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta" display_in_upload="true"/>
12     <datatype extension="data" type="galaxy.datatypes.data:Data" mimetype="application/octet-stream"/>
13     <datatype extension="fasta" type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta" display_in_upload="true">
14       <converter file="fasta_to_tabular_converter.xml" target_datatype="tabular"/>
15     </datatype>
16     <datatype extension="fastqsolexa" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSolexa" display_in_upload="true">
17       <converter file="fastqsolexa_to_fasta_converter.xml" target_datatype="fasta"/>
18       <converter file="fastqsolexa_to_qual_converter.xml" target_datatype="qual"/>
19     </datatype>
20     <datatype extension="gff" type="galaxy.datatypes.interval:Gff" display_in_upload="true">
21       <converter file="gff_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
22     </datatype>
23     <datatype extension="gff3" type="galaxy.datatypes.interval:Gff3" display_in_upload="true"/>
24     <datatype extension="gif" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/gif"/>
25     <datatype extension="gmaj.zip" type="galaxy.datatypes.images:Gmaj" mimetype="application/zip"/>
26     <datatype extension="html" type="galaxy.datatypes.images:Html" mimetype="text/html"/>
27     <datatype extension="interval" type="galaxy.datatypes.interval:Interval" display_in_upload="true">
28       <converter file="interval_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
29     </datatype>
30     <datatype extension="jpg" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/jpeg"/>
31     <datatype extension="laj" type="galaxy.datatypes.images:Laj"/>
32     <datatype extension="lav" type="galaxy.datatypes.sequence:Lav" display_in_upload="true"/>
33     <datatype extension="maf" type="galaxy.datatypes.sequence:Maf" display_in_upload="true">
34       <converter file="maf_to_fasta_converter.xml" target_datatype="fasta"/>
35       <converter file="maf_to_interval_converter.xml" target_datatype="interval"/>
36     </datatype>
37     <datatype extension="pdf" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="application/pdf"/>
38     <datatype extension="png" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/png"/>
39     <datatype extension="qual" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore" display_in_upload="true"/>
40     <datatype extension="scf" type="galaxy.datatypes.images:Scf" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
41     <datatype extension="taxonomy" type="galaxy.datatypes.tabular:Taxonomy" display_in_upload="true"/>
42     <datatype extension="tabular" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" display_in_upload="true"/>
43     <datatype extension="txt" type="galaxy.datatypes.data:Text" display_in_upload="true"/>
44     <datatype extension="txtseq.zip" type="galaxy.datatypes.images:Txtseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
45     <datatype extension="wig" type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle" display_in_upload="true"/>
46     <!-- EMBOSS TOOLS -->
47     <datatype extension="acedb" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
48     <datatype extension="asn1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
49     <datatype extension="btwisted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
50     <datatype extension="cai" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
51     <datatype extension="charge" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
52     <datatype extension="checktrans" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
53     <datatype extension="chips" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
54     <datatype extension="clustal" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
55     <datatype extension="codata" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
56     <datatype extension="codcmp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
57     <datatype extension="coderet" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
58     <datatype extension="compseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
59     <datatype extension="cpgplot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
60     <datatype extension="cpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
61     <datatype extension="cusp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
62     <datatype extension="cut" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
63     <datatype extension="dan" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
64     <datatype extension="dbmotif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
65     <datatype extension="diffseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
66     <datatype extension="digest" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
67     <datatype extension="dreg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
68     <datatype extension="einverted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
69     <datatype extension="embl" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
70     <datatype extension="epestfind" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
71     <datatype extension="equicktandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
72     <datatype extension="est2genome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
73     <datatype extension="etandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
74     <datatype extension="excel" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
75     <datatype extension="feattable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
76     <datatype extension="fitch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
77     <datatype extension="freak" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
78     <datatype extension="fuzznuc" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
79     <datatype extension="fuzzpro" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
80     <datatype extension="fuzztran" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
81     <datatype extension="garnier" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
82     <datatype extension="gcg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
83     <datatype extension="geecee" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
84     <datatype extension="genbank" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
85     <datatype extension="helixturnhelix" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
86     <datatype extension="hennig86" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
87     <datatype extension="hmoment" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
88     <datatype extension="ig" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
89     <datatype extension="isochore" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
90     <datatype extension="jackknifer" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
91     <datatype extension="jackknifernon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
92     <datatype extension="markx10" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
93     <datatype extension="markx1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
94     <datatype extension="markx0" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
95     <datatype extension="markx3" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
96     <datatype extension="markx2" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
97     <datatype extension="match" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
98     <datatype extension="mega" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
99     <datatype extension="meganon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
100     <datatype extension="motif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
101     <datatype extension="msf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
102     <datatype extension="nametable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
103     <datatype extension="ncbi" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
104     <datatype extension="needle" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
105     <datatype extension="newcpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
106     <datatype extension="newcpgseek" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
107     <datatype extension="nexus" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
108     <datatype extension="nexusnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
109     <datatype extension="noreturn" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
110     <datatype extension="pair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
111     <datatype extension="palindrome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
112     <datatype extension="pepcoil" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
113     <datatype extension="pepinfo" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
114     <datatype extension="pepstats" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
115     <datatype extension="phylip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
116     <datatype extension="phylipnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
117     <datatype extension="pir" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
118     <datatype extension="polydot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
119     <datatype extension="preg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
120     <datatype extension="prettyseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
121     <datatype extension="primersearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
122     <datatype extension="regions" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
123     <datatype extension="score" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
124     <datatype extension="selex" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
125     <datatype extension="seqtable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
126     <datatype extension="showfeat" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
127     <datatype extension="showorf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
128     <datatype extension="simple" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
129     <datatype extension="sixpack" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
130     <datatype extension="srs" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
131     <datatype extension="srspair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
132     <datatype extension="staden" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
133     <datatype extension="strider" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
134     <datatype extension="supermatcher" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
135     <datatype extension="swiss" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
136     <datatype extension="syco" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
137     <datatype extension="table" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
138     <datatype extension="textsearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
139     <datatype extension="vectorstrip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
140     <datatype extension="wobble" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
141     <datatype extension="wordcount" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
142     <datatype extension="tagseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
143   </registration>
144   <sniffers>
145     <!--
146       The order in which Galaxy attempts to determine data types is
147       important because some formats are much more loosely defined
148       than others.
149     -->
150     <sniffer order="05" type="galaxy.datatypes.sequence:Maf"/>
151     <sniffer order="10" type="galaxy.datatypes.sequence:Lav"/>
152     <sniffer order="15" type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta"/>
153     <sniffer order="25" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSolexa"/>
154     <sniffer order="30" type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle"/>
155     <sniffer order="35" type="galaxy.datatypes.images:Html"/>
156     <sniffer order="40" type="galaxy.datatypes.sequence:Axt"/>
157     <sniffer order="45" type="galaxy.datatypes.interval:Bed"/>
158     <sniffer order="50" type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
159     <sniffer order="55" type="galaxy.datatypes.interval:Gff"/>
160     <sniffer order="60" type="galaxy.datatypes.interval:Gff3"/>
161     <sniffer order="65" type="galaxy.datatypes.interval:Interval"/>
162   </sniffers>
163 </datatypes>
Note: See TracBrowser for help on using the browser.