Changeset 1572:f2ce31c74346

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10/23/08 15:19:48 (3 months ago)
Author:
Nate Coraor <nate@bx.psu.edu>
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default
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Fix a bug from the last commit, what I changed doesn't work right.

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  • lib/galaxy/datatypes/interval.py

    r1531 r1572  
    1010from galaxy import util 
    1111from galaxy.datatypes.sniff import * 
     12from galaxy.web import url_for 
    1213from cgi import escape 
    1314import urllib 
    …… 
    218219                for site_name, site_url in util.get_ucsc_by_build(dataset.dbkey): 
    219220                    if site_name in app.config.ucsc_display_sites: 
    220                         display_url = urllib.quote_plus( "%s/display_as?id=%i&display_app=%s" % (base_url, dataset.id, type) ) 
     221                        display_url = urllib.quote_plus( "%s%s/display_as?id=%i&display_app=%s" % (base_url, url_for( controller='root' ), dataset.id, type) ) 
    221222                        link = "%sdb=%s&position=%s:%s-%s&hgt.customText=%s" % (site_url, dataset.dbkey, chrom, start, stop, display_url ) 
    222223                        ret_val.append( (site_name, link) ) 
    …… 
    811812                for site_name, site_url in util.get_ucsc_by_build(dataset.dbkey): 
    812813                    if site_name in app.config.ucsc_display_sites: 
    813                         display_url = urllib.quote_plus( "%s/display_as?id=%i&display_app=%s" % (base_url, dataset.id, type) ) 
     814                        display_url = urllib.quote_plus( "%s%s/display_as?id=%i&display_app=%s" % (base_url, url_for( controller='root' ), dataset.id, type) ) 
    814815                        link = "%sdb=%s&position=%s:%s-%s&hgt.customText=%s" % (site_url, dataset.dbkey, chrom, start, stop, display_url ) 
    815816                        ret_val.append( (site_name, link) ) 
    …… 
    890891                for site_name, site_url in util.get_gbrowse_sites_by_build(dataset.dbkey): 
    891892                    if site_name in app.config.gbrowse_display_sites: 
    892                         display_url = urllib.quote_plus( "%s/display_as?id=%i&display_app=%s" % (base_url, dataset.id, type) ) 
     893                        display_url = urllib.quote_plus( "%s%s/display_as?id=%i&display_app=%s" % (base_url, url_for( controller='root' ), dataset.id, type) ) 
    893894                        link = "%sname=%s&ref=%s:%s..%s&eurl=%s" % (site_url, dataset.dbkey, chrom, start, stop, display_url )                         
    894895                        ret_val.append( (site_name, link) ) 

  • templates/root/history_common.mako

    r1571 r1572  
    6868                        <a href="${h.url_for( action='display', id=data.id, tofile='yes', toext=data.ext )}" target="_blank">save</a> 
    6969                        %for display_app in data.datatype.get_display_types(): 
    70                             <% display_links = data.datatype.get_display_links( data, display_app, app, request.base + h.url_for() ) %> 
     70                            <% display_links = data.datatype.get_display_links( data, display_app, app, request.base ) %> 
    7171                            %if len( display_links ) > 0: 
    7272                                | ${data.datatype.get_display_label(display_app)}